赫章县新石器时期属“赤水”部落。
夏时，县境为梁州之南荒服地。
商周为鬼方。
春秋为牂牁国西北徼外。
战国时属夜郎国。
秦始皇二十六年（前221），属汉阳县。
汉初汉阳县被废，汉武帝建元六年（前135），复置，隶犍为郡。汉永初二年（108），将犍为南部改置犍为属国，治朱提，汉阳属之。
蜀汉时改犍为属国为朱提郡，领汉阳等5县。
晋至南齐，隶南宁州朱提郡。梁太清二年(548)，地方豪族爨瓒占据宁州，所属郡县俱废，汉阳县行政建制解体。
唐代置羁縻小州，今县境属宝州。天宝十年（751），附南诏。
宋属乌撒部。元至元十年（1273），乌撒部附元，十三年（1276），置乌撒路，十五年（1278），设乌撒军民总管府，二十一年（1284），改为乌撒军民宣抚司，二十四年（1287），升为乌撒乌蒙宣慰司，隶云南行省，今县境属乌撒辖地。
元顺帝至元元年（1335），改隶四川行省。
明代，今县境一直为乌撒所辖。洪武十四年（1381），乌撒附明，置乌撒土知府，隶云南布政司；十五年（1382）置乌撒卫指挥司，隶云南都司；十六年（1383）改隶四川布政司。永乐十二年（1414），改隶贵州都司。
清康熙四年（1665），裁乌撒卫，置安宁府；五年改称威宁府，今赫章属之。雍正八年（1730），降威宁府为州，今县境属之，至清末。
民国二年（1913），威宁改州为县；七年（1918），威宁县得胜坡分县移治赫章，改称赫章分县；三十一年（1942），隶属贵州省第四行政督察区。
1950年，隶属贵州省毕节专区。今属毕节市。
2007年末，辖27个乡镇457个行政村。
【行政区划】
截至2013年，赫章县辖21个乡（其中少数民族乡12个）、6个镇，456个村、9个社区。
辖城关镇、白果镇、妈姑镇、财神镇、六曲河镇、野马川镇、水塘堡彝族苗族乡、达依乡、兴发苗族彝族回族乡、松林坡白族彝族苗族乡、雉街彝族苗族乡、珠市彝族乡、罗州乡、双坪彝族苗族乡、铁匠苗族乡、辅处彝族苗族乡、可乐彝族苗族乡、德卓乡、河镇彝族苗族乡、安乐溪乡、结构彝族苗族乡、朱明乡、古基乡、哲庄乡、古达苗族彝族乡、威奢乡、平山乡。
