花溪地方早有建置。明洪武五年（1372）正月，设置贵竹长官司，属贵州宣慰司，三月置金筑长官司。万历十四年（1586）二月，以贵竹、平伐长官司地置新贵县，属贵阳府。清康熙二十六年（1687），置贵筑县。
1950年，设贵阳专区，驻花溪镇，1952年，专署驻地迁贵定，改称贵定专区，贵筑县隶属贵阳市。1955年，贵筑县隶属贵定专区，1956年，贵筑县隶属安顺专区，1957年11月，贵筑县并入贵阳市。1958年2月，以原贵筑县城的一部分置花溪区。
2000年1月21日，国务院致函贵州省人民政府《关于同意贵州省设立贵阳市小河区的批复》（国函〔2000〕10号）。同意设立贵阳市小河区，小河区辖贵阳市小河镇和贵阳市花溪区金竹镇，区人民政府驻黄河路。
2012年11月15日，国务院正式下发《国务院关于同意贵州省调整贵阳市部分行政区划的批复》(国函〔2012〕190号)，同意撤销贵阳市花溪区、小河区，设立新的贵阳市花溪区，以原花溪区、小河区的行政区域为新的花溪区的行政区域。花溪区人民政府驻贵筑街道明珠大道192号。
【行政区划】
截至2013年9月，花溪区下辖2镇：青岩镇、石板镇，7乡：燕楼乡、孟关乡、久安乡、马铃乡、麦坪乡、黔陶乡、高坡乡，18个社区服务中心，共122个行政村，52个居委会。
