湄潭置县后正式划入贵州管辖。这以后的三百余年，贵州兵燹不断，战祸连年，战乱给人民带来无穷的灾难，湄潭却因此引来大批移民而促进了本地经济文化的发展。
贵州给外界落后，蛮荒的印象，除地处偏远，交通不便，信息闭塞的原因，舆论导向也是一个重要的因素。“贵州”这个名称始见于宋太祖（赐普贵敕）中“惟尔贵州、远在要荒”一语。古地理书《禹贡》把中国疆土分为五个地域，名为“五服”，以京城为中心由近及远分为甸服、侯服、绥服、要服和荒服。要服与荒服是最边远的少数民族地区。“远在要荒”是说贵州属于远离中原的蛮荒之地。在宋太祖之前，汉朝司马迁“夜郎自大”和唐朝柳宗元“黔驴技穷”的故事，已固定了中原人对贵州的看法。柳宗元还有一句更难听的话，“播州非人所居”。唐朝元和年间写过《捕蛇者说》的大才子柳宗元和《陋室铭》的作者大名士刘禹锡参与王叔文改革失败，唐宪宗决定把柳宗元贬到柳州，刘禹锡贬到播州，柳宗元惊呼播州不是人住的地方，怎么去得？当时，还有一个历史上颇有名气的宰相裴度也说过：“播州猿猴所宅”。照这句话理解，那时的遵义、湄潭一带只能是猿猴住的地方了，这样的舆论导向自然阻碍了贵州乃至遵义地区的开发。
大思想家老子有句名言“祸兮福所倚，福兮祸所伏”。战争的不幸却给湄潭带来经济、文化发展的机会。湄潭历史上几次重大的变革和事件都与战争有关。平播战争导致了湄潭县的建置，二十世纪三十年代红军长征驻扎湄潭，国民政府中央农业实验所在湄潭建立实验茶场，四十年代浙江大学西迁湄潭办学等影响湄潭政治、经济、文化发展的重大事件都与战争有直接的联系。
湄潭置县后，周边地区不断发生战争，战乱时间，湄潭的青山绿水是人们避乱，生存的福地。
清顺治七年（1650年）孙可望派兵攻遵义，一批巴蜀移民涌入湄潭避乱。这些移民制茶酿酒，烧窑熬糖，编制竹器，开设茶馆酒楼，同时带来了川剧、评书、金钱板、莲花落。以后四川移民不断的涌入，对湄潭的影响最大，湄潭的生活习惯，风俗人情，语言文化无不烙上浓郁的巴蜀特征。
清康熙十二年（1673）吴三桂反清，后称帝于湖南衡阳，荆楚湘赣一带成为战场，大批荆楚移民为避战乱入湄。荆楚人善商贾，工印染、织布，永兴因系当时上八府与下八府交接之地，荆楚移民选择这里做生意，造就了一个繁华的商埠。一时间，湄潭的印染业，织布业颇为发达，永兴也有“一打鼓（今金沙县城）、二永兴、三鸭溪、四茅台”之誉。荆楚移民带来了荆楚文化，光绪志载“正月元宵，城乡剪彩为灯，名曰‘花灯’。拣少年为女装，伴以鼓乐，沿门踏唱，又多烛龙，颇类楚南”。可见湄潭至今仍流行的“花灯”是从荆楚传入。
清咸丰、同治两朝，贵州爆发了著名的咸同农民大起义，战争不断，各地移民不断来湄。为避战祸，湄潭各地建起不少囤堡。有些军事城堡至今尚完好，如洗马乡境内的灯笼山营、洞沟营、普字山营，笔者曾去考察过。灯笼山营堡建在山顶开阔处，前后断岩如削，羊肠曲道，行者多眩，营堡城墙高达丈许，俱由巨石垒成，石门、石柱尤在，城堡可容千人，真不知当时在无机械的情况下，先人是怎样修筑这样宏伟的城堡。普字山营紧邻场镇，此营历史最久，原系吴三桂军驻扎之营，城堡上现建有电视差转台。洞沟营建在山洞内，洞高数大，阔十余丈，深达十里，洞内有营房建筑，垛口上原架有铁炮，有一股清泉从洞里流出，向里走有宽有窄，有不少千姿百态的钟乳石和海生物化石，证明远古时代这里曾经是一泓大海。这些军事城堡如果开发，具有较高的经济旅游价值。
发生在咸同时期的农民起义战争有这样一个插曲：郭沫若的外祖父杜琢章曾在贵州黄平代理知州，清咸丰七年（1857年）农民起义军攻破黄平城池，杜知州见大势已去，自已杀死了4岁的女儿后自尽于公堂，其妾和另一个7岁的女儿也跳水自杀。郭沫若的母亲当时被一位奶妈背出逃生，在湄潭躲藏了一阵才回到四川，郭沫若母亲后来嫁给郭朝沛，才有了郭沫若。
