清康熙二十六年(1687年)以威清、镇西二卫置清镇县，取二卫首字为名，属安顺府。1992年撤县设市。
1999年末，清镇市行政区域辖4个镇、6个乡（其中3个民族乡）、299个村委会、43个居委会。市政府驻红枫湖镇。
2001年末，清镇市辖6个乡（其中3个民族乡），4个镇、299个村委会、43个居委会。
2002年9月5日，贵州省政府批准同意调整红枫湖镇行政区划，设立青龙街道。将红枫湖镇所辖的中心、青龙、东北等20个村及新华路、建国路、新民路等19个居委会辖区划由青龙街道管辖，红枫湖镇所辖行政区域相应进行调整。
2002年末，清镇市辖4个镇、6个乡（其中3个民族乡），299个村委会、43个居委会。
2003年末，清镇市辖1个街道、4个镇、6个乡（其中3个民族乡），299个村委会、32个社区。
2004年，清镇市政府驻地改为青龙街道办事处。2006年3月27日，《省人民政府关于同意清镇市调整站街镇红枫湖镇部分行政区划的批复》同意清镇市调整站街镇和红枫镇部分行政区划，将原属站街镇的骆家桥村划归红枫湖镇管辖。
2007年11月12日，经贵阳省政府批准，新店镇政府驻地自新店村迁移到徐家沟村。2007年末，清镇市辖1个街道、4个镇、6个乡（其中3个民族乡），30个居委会（社区）、299个行政村。2010年末，清镇市常住人口46.80万人。2011年9月，正式将清镇市的百花湖乡移交金阳新区管理。
2011年末，清镇市辖1个街道、4个镇、6个乡（3个民族乡）：青龙街道、红枫湖镇、站街镇、卫城镇、新店镇、百花湖乡、麦格苗族布依族乡、暗流乡、王庄布依族苗族乡、流长苗族乡、犁倭乡。共有38个居委会、299个行政村，1820个村民小组。市政府驻青龙街道红旗路3号。
2011年6月，将青龙街道集中连片的10个城区居委会划出设立红新、新岭2个社区服务中心。2012年4月28日，百花、巢凤、红塔3个社区服务中心正式挂牌成立。2012年11月15日，国务院批准同意将清镇市的百花湖乡划归贵阳市观山湖区管辖。
2013年12月16日，贵州省人民政府同意撤销清镇市犁倭乡，设置犁倭镇，镇人民政府驻犁倭村，所辖行政区域不变；同意撤销清镇市暗流乡，设置暗流镇，将卫城镇关口村划入暗流镇管辖，镇人民政府驻关口村。
截至2014年，清镇市辖6个镇、3个民族乡：红枫湖镇、站街镇、卫城镇、新店镇、暗流镇、犁倭镇、麦格苗族布依族乡、王庄布依族苗族乡、流长苗族乡，以及新岭社区、红塔社区、巢凤社区、百花社区、红新社区5个社区服务中心。
