新石器时代，仁怀怀阳洞一带已有人类繁衍生息。
商周时期，居住在仁怀云仙洞的先民制作了绳纹大口尊等精美陶器。
秦汉时期，域内赤水河沿岸出现大型聚落。
西晋时，彝族扯勒部征服今茅坝的濮人部落，建立茅坝则溪。
南北朝至五代，仁怀隶属多次变更。
北宋大观三年（公元1109年），仁怀置县，属滋州。宣和三年（公元1121年）降县为堡，属泸州郡。
元置仁怀长官司、古滋长官司，均属播州安抚司。
明万历二十九年（公元1601年），复置仁怀县，属遵义军民府，归四川布政司管辖。
清雍正五年（公元1727年），随府改属贵州布政司。
雍正八年（公元1730年），移县治于生界亭子坝，十一年知县杜诠领帑项一万五千零八十两建城，至十三年新城就。
乾隆三年（公元1738年），仁怀县分仁怀、河西、土城三里归遵义府通判管理。
民国四年（1915年），仁怀割赤水、吼滩、小溪、丁山四里建立习水县。
1949年，仁怀解放，设仁怀县。县城位于中枢镇，属遵义专区。
1965年11月18日，仁怀划回龙、桑木、永安三个区归习水县管辖。
1995年11月30日，经国务院批准撤销仁怀县，设县级仁怀市，属遵义地区管辖。
1997年6月，国务院批准撤销遵义地区与县级遵义市，设地级遵义市。仁怀市改为省直辖。
1997年底，贵州省人民政府委托遵义市代管县级仁怀市，此后十余年，仁怀市渐渐成为黔北地区次中心城市。
2013年7月1日，贵州省政府决定将县级仁怀市改为省直管（副厅级），赋予自主经济权利，其行政机构，人大等仍然按照县级市设置，行政区域不从遵义市分离。
2019年7月1日，仁怀市由省直管调整为遵义市代管。
早在商周时期，仁怀先民就掌握了酿酒技术。1915年，茅台酒荣获巴拿马万国博览会金奖，跻身世界三大蒸馏名酒行列。1935年中国工农红军长征进入仁怀，为了牵制、阻击国民党军队的追击，保证红军主力部队北上抗日，在茅台渡口三渡赤水。
境内有全国重点文物保护单位2处，省级文物保护单位13处，市县级文物保护单位21处。其中，有茅台渡口、鲁班红军烈士墓、长岗红军医院旧址等革命文物13处。是全国先进文化市、全国文明城市、国家卫生城市、省治安模范市、省“双拥”模范市，是贵州省首批建设的20个经济强县（市）之一。
