三都在夏朝属梁州东南裔；商属于荆州西南裔；周属越，领牂牁国地；秦属象郡且兰县地；汉属牂牁郡；晋至南朝宋属牂牁郡的东南角和武陵郡的西南角等处交界地；南朝齐属牂牁郡东南角和齐熙郡西北角等处交界地；梁、陈属南牂牁郡；隋属牂牁郡.唐初开始在三都境内设治，贞观三年（629年），置婆览县，即今三都恒丰、塘州、合江一带；都尚县，即今三都都江一带，属应州管辖，州治在都尚县。宋代（960—1279年），属夔州路绍庆府（今四川彭水县）所辖五十六羁縻州的南部东段边地。元朝至元二十六年六月（1289年），西南夷中下烂土等处洞长忽带等人，以三百洞、一百一十寨内附。至元二十八年十月（1291年），将洞蛮烂土建立定云府，改陈蒙洞为陈蒙州，合江为合江州。至元二十九年正月，设陈蒙烂土军民安抚司。明朝洪武十九年（1386年），改都匀定云安抚司为都匀安抚司。洪武二十四年三月，授张均为合江州陈蒙烂土长官，隶都匀卫。弘治七年五月（1494年），长官司改属独山州，隶新设的都匀府。雍正九年七月（1731年），置都江厅通判，即今三都水族自治县都江镇，隶都匀府。雍正12年（1734年），以烂土司地置三脚屯州同，即今三合、大河、普安、中和等乡镇。民国2年12月（1913年），都江厅改称都江县，三脚州同改称三合县。民国30年2月（1941年），贵州省政府将都江、三合两县合并，改名三都水族自治县，三都水族自治县治设三合镇，都江县署改为区署。
1949年12月6日三都解放，1950年1月14日三都水族自治县人民政府成立。1956年9月11日，国务院全体会议第三十七次会议作出决定，撤销三都水族自治县，设置三都水家族自治县，同年12月21日，将三都水家族自治县更名为三都水族自治县。1957年1月2日，三都水族自治县正式成立，县治设三合镇，隶属黔南布依族苗族自治州。此后，县名、县治一直沿袭至今。
