自唐宋就实行羁縻统治。
宋大观元年（1107年）始置。
元至元十六年（1279年）改为安定县。为晓爱泸洞赤溪等处、卑带洞大小田等处；德明洞、秃罗等蛮夷长官司地，属思州军民安抚司。
明洪武五年（1372年）置邛水、得民、晓益、陂带、团罗五长官司；二十五年（1392年）并为邛水一十五洞蛮夷长官司，属思南宣慰司；永乐十二年（1414年）以邛水一十五洞蛮夷长官司隶镇远府。
清雍正十年（1733年）改设邛水县丞，为镇远分县。雍正十二年（1734年）添设镇远县丞一员分驻邛水司地。
民国二年（1913年）以邛水县丞地置邛水县，属黔东道；十三年（1924年）改灵山县；十六年（1927）易名三穗县。相传县城附近稻田中，一株水稻并出三穗，故名。
1950年，属镇远专区。
1956年，划入黔东南苗族侗族自治州。
1958年，撤销三穗县，并入镇远县。
1962年，恢复三穗县。
1958年12月20日，国务院全体会议第82次会议决定：撤销岑巩、三穗2县，将原2县的行政区域全部划归镇远县。
1962年10月20日，国务院全体会议第117次会议决定：恢复三穗县，以合并于镇远县的原三穗县行政区域为三穗县的行政区域。
1996年，三穗县辖5个镇、4个乡。县政府驻八弓镇。
截至2013年，三穗县辖5个镇、4个乡：八弓镇、台烈镇、瓦寨镇、桐林镇、雪洞镇、滚马乡、长吉乡、款场乡、良上乡。 159个村，5个居民社区。
