水城县历史悠久。秦始皇二十六年(前221)建汉阳县。今水城县境,属汉阳县所辖。汉沿秦制,新莽建国元年(9),改汉阳县为新通县,东汉复称汉阳县。隋大业三年(607),属昆明国。唐669年,属汤望州。宋开宝七年(974),属罗氏鬼国卢鹿部。元属顺元路,领48处长官司,其中漕泥、市北洞两处长官司驻地在今县境内。明属水西宣慰司辖地,水西分中水、下水、底水三部,底水即今县境内。清康熙三年(1664),吴三桂进伐水西宣慰使安坤;五年(1666),以安坤统地设大定府,水城属大定府。
雍正十一年(1733),建水城厅,划大定府之永顺、常平二里归水城厅辖。乾隆四十一年(1776),再划远州(今织金县)之崇信、时丰、岁稔三里入水城厅。民国二年(1913),改为水城县,隶属贵西道;十二年(1923)隶属贵州省;二十四年(1935)年,隶属第四行政督察区(毕节)。1949年和平解放后隶属毕节专员公署。1965年,县境内另设水城矿区,1966年划大河、汪家寨等十公社置水城特区,属西南煤炭建设指部,与县并存。1970年,水城矿区与水城县合并为水城特区,隶属六盘水地区;1978年,隶属六盘水市,为三特区之一。1987年复置至今。2003年,民政部批准同意水城县人民政府驻地由六盘水市钟山区黄土坡街道办事处迁至水城县滥坝镇双水。