瓮安开疆较早，殷周时，瓮安为且兰地，自秦汉便有记载，至明万二十九年（公元1601年）改土归流，瓮安始建县。
秦朝时，设黔中郡，瓮安隶属黔中郡，属黔中郡南境。
汉朝时期，更且兰为牂牁郡，瓮安隶属烊舸郡。
至西晋时，牂牁郡设在瓮安境内。
隋朝时期瓮安隶牂牁郡县。
唐贞观三年（公元629年）置朗州，后改为播州，瓮安隶属播州。“僖宗乾符初，太原人杨瑞应募，率其乡人令狐、成、赵、犹、娄、梁、韦、谢八族复之，因据其地，自后播州为杨氏世有。”
宋朝时期瓮安仍属播州地。
元代在少数民族聚居区推行土司制度，至元十四年（公元1277年）播州首领杨宪邦纳地归附，授播州安抚司，隶湖广行省。十八年升为宣慰司。二十一年降为播州军民安抚司，隶顺元等处宣慰司。二十八年，改为播州军民安抚司（元末复为宣慰司），隶四川行省。二卜九年，改隶湖广行省。播州军民安抚司辖1府32长官司，内有草塘等处长官司。
明代仍实行土司制度，并在土司地区插入军事据点——卫、所、屯（堡），分军屯田，扼守要道，加强控制，逐步“改土归流”。洪武五年正月十七日（公元1 672年2月21日），播州宣慰司杨铿入朝纳元所授印信，仍置播州宣慰司，隶四川承宣布政司，仍辖草塘旧州等处长官司。十七年六月一日（6月29日），升草塘旧州等处长官司为草塘安抚司，同年置瓮水安抚司，均隶四川布政使司播州宣慰司。洪武十五年闰月二月初八（3月23日），置平越卫指挥司，卫平越（今福泉市）。十七年二月十六日（3月8日），升平越卫指挥司为军民指挥使司，先隶属四川都指挥司'后改为贵州都指挥使司。辖左、右、中、前、后5守御千户所3站72屯堡（百户所）。今县内部分地区属右所，有15堡。万历二十八年（公元1600年），平定播州宣慰使杨应龙叛乱。二十九年四月二十九日（5月30日），改土归流，以瓮水、草塘两个安抚司及平越卫右所干平、干溪、梭罗等15堡地合置瓮安县，隶贵州布政使司平越军民府。
清顺治十六年（公元1659年），沿用明贵州平越军民府，瓮安仍为其辖地。清顺治二十八年八月十八日（公元1681年9月29日），贵州省设分守贵东道驻平越辖平越军民府，二十六年，平越军民府改为平越府。乾隆七年三月二十八日（公元1742年5月2日），撤分守贵东道，平越府改隶古州兵备道。二十年二月十九日（3月31日），平越府改隶省城粮储道。嘉庆三月初七日（公元1798年4月22日），平越府为平越直隶州，仍辖瓮安县。辛亥年九月十四日（公元1911年11月4日），贵州独立，沿用贵州省平越直隶州，瓮安仍为其辖地。
中华民国时期，1913年瓮安县隶属黔中道，民国九年(1920年)， 撤黔中道，瓮安县隶属于省。民国二十四年六月，瓮安县隶属第七行政督察区。民国二十六年，隶属省直辖区，民国三十七年，瓮安划隶第五行政督察区。
1949年12月11日，瓮安县解放后，隶属贵州省贵阳专区。1952年12月，改为贵定专区。1956年5月。贵定专区撤销，瓮安县隶安顺专区。1958年12月，瓮安县隶黔南布依族苗族自治州。此时，福泉县撤销，其所辖4区、l区级镇、35乡、3乡级镇，并入瓮安县。至1961年8月，福泉县恢复，原福泉县地域并入瓮安县境历时两年零八个月。
1950年，全县划分为4个区，区以下沿用旧乡（镇）、保甲，当时共4镇7乡、141保、1216甲。到1952年4月，全县划为七区。1955年5月，七个区不再以数字排列名称，统一冠以地名，为雍阳区、草塘区、中坪区、永和区、珠藏区、玉山区、天文区'共辖2镇、78乡。
1958年12月，福泉地域并入县境后’全县为10区、2区级镇、84乡、4乡级镇。接着，实行“政社合一、区为公社、一区（镇）一社”全县12个区（镇）改为12个公社。
1961年8月，福泉县恢复。瓮安县境划出福泉地域后，陆续撤销公社、管理区．恢复7个区，建立31个乡级公社。到1963年2月，全县调整为48个公社。
1984年夏，全县公社、生产大队、生产队分别改为村、村民小组。撤销城关公社，建立雍阳镇（区级镇）；撤销草塘公社，建立草塘镇（乡级镇）。到1987年底，县以下建置为：7个区，1个区级镇，46个乡，1个乡级镇，246个村，4个居民委员会，2767个村民小组。
雍阳镇：辖东、南、西、北街4个居民委员会及中心、东村、岩孔、云星、七星、河西、望洞7个村。
雍阳区：辖银盏、玉华、太文、平定营、营定、茅坡6个乡，36个村。
草塘区：辖草塘镇和下司、金星、松坪、青池、小河山、金竹、新华7个乡，34个村。
中坪区：辖中坪、柏香、白沙、青龙山、果水、建中6个乡，34个村。
永和区：辖垛丁、洗马塘、岚关、尖坡、长岭、木孔、老坟嘴7个乡，31个村。
珠藏区：辖珠藏、峰岩、高水、木引槽、桂花、铜锣、牛场坝、荣院、羊关9个乡，52个村。
玉山区：辖岩坑、鱼河、高枧、小开州、龙蟠、龙塘6个乡，32个村。
天文区：辖天文、平坝、玉屏、木老坪、两岔河5个乡，20个村。
1991年底，实行“撤区、并乡、建镇”后，全县置8个局级镇，15个局级乡，共23个乡镇。2000年，建建中镇。乡镇设乡、镇人民政府，为基层政权组织单位，各乡镇下设村民委员会、居民社区和居民委员会，2006年，全县共247个行政村，6个居民社区，2个居委会。9个镇是：雍阳、草塘、中坪、永和、玉山、天文、珠藏、平定营、建中。1 4个乡是：银盏、玉华、老坟嘴、岚关、白沙、木老坪、松坪、小河山、鱼河、牛场、铜锣、高水、木引槽、龙塘。
2009年8月全县完成撤并村工作，由原247个村撤并为97个村。
2013年全县完成撤乡并镇工作。全县共2个街道办事处、10镇1乡。街道办事处是：雍阳街道办事处、瓮水街道办事处。10镇是：银盏、猴场、中坪、永和、玉山、天文、珠藏、江界河、平定营、建中。1乡是：岚关。
