镇远地处贵州省东部，即武陵水舞溪中部，水运便利，于是从春秋战国开始便有黔中建置，秦属黔中郡镡成县地，汉置武陵郡无阳县，隶荆州。
公元前279年，楚顷襄王二十年派庄豪率军由沅江溯氵舞 水伐夜郎，到镇远；公元前277年，秦昭王三十年派白起伐楚定巫，置黔中郡镡成县。公元前202前，汉高祖五年黔中郡更名武陵郡置无阳县。汉武帝时，镇远古罗施国蛮酋王自雄归降。三国时，公元215年（建安二十年），吴蜀联合分荆州、武陵郡，无阳县属蜀国武陵郡。公元222年（蜀章武二年），孙权夺取武陵郡，在无阳县故地改置氵舞 阳县。公元598年（隋开皇十八年）在镇远置充州梓姜县，公元606年度废充州，梓姜县改属奖州。唐长安四年（公元704年）在镇远置氵州，公元725年更名鹤州，公元732年更名业州，公元770年改名奖州。唐末至五代期间，镇远因全国社会动乱而脱离王权辖治，成为田氏领地，称号“竖眼大田溪洞”，下辖九溪十八洞，自成建制。史书称：“陷于藩”。
宋朝同一全国后，镇远蛮酋田氏于乾德三年（公元965年）进京朝贡，宋太祖赵匡胤因大理反宋，朝廷急需解决云南问题，镇远又是必经之要道，宋太祖认可“竖眼大田溪洞”，即田氏对黔东的统治权。真宗咸平三年（公元1000年）以张伦为奖州巡检使，公元1011年以闫陈翰为奖州刺史，公元1015年以周仁美为奖州防御使，公元1018年以李薄为忠正节度使副使、奖州团练使。派流入镇远后，加强了对少数民族的控制。大理国被灭后，宋朝大军云集镇远，蛮酋田祐恭主动废止了“竖眼大田溪洞”建制，于宋大观元年（公元1107年）上表朝廷，“愿为王民”，授思州藩部长，在镇远置思州安夷县。宋徽宗政和八年（公元1118年），封田祐恭维少师思国公。孝宗淳熙十三年（公元1186年）十二月丙子，在镇远复置奖州，田处达为刺史；蛮帅田二凤以功授镇远沿边溪洞军民宣抚使。南宋宝祐五年（公元1257年），朝廷为防御元兵入侵，设立镇远巡检司，田宗恕为长官；朝廷急命御前忠胜军副都统制田应已率兵修筑氵舞 溪关隘，即石屏山防御工事竣工后，于宝祐六年十一月甲寅日，赵昀皇帝下诏，抚谕沿边将士，改奖州赐名“镇远州”。
南宋德祐元年（公元1275年），镇远守将李信、李发战败被俘，镇远蛮酋田景贤于公元1277年（至元十四年）春归降元朝，授镇远沿边溪洞宣抚使，置镇远沿边溪洞招讨司镇压九溪十八洞苗民，其后改招讨司为镇远蛮夷总管府，随后又改军民总管府，田茂烈为总管，治中河山。至元二十年（公元1283年）改军民总管府为镇远府。公元1284年（至元二十一年）闰5月，改安夷县为镇安县。至正二十二年（公元1362年），镇远复称安夷县。当时，总管府下辖39个蛮夷长官司；如镇远金容达蛮夷长官司、都坪峨异溪蛮苗长官司、蕉溪笃住蛮夷长官司等，长官司下辖各溪洞，溪洞辖各村寨，通过溪洞土官管理各族人民的生产、生活等活动。
元朝末年，社会动乱，群雄奋起。至正十八年（公元1358年）古州（榕江）八万洞苗民叛乱。镇远蛮酋田茂烈、田仁厚胡子率兵镇压，次年又领兵围剿红巾军，镇远城兵力空虚。至正二十二年（公元1362年）正月，红巾军首领明玉珍在重庆称帝，国号大夏，兵发黔东入湘，镇远州知州田茂安归附，授管军万户府印，在镇远置思南道都元帅府，随后改称思州道宣慰司，授田仁政为宣慰使，田仁美为统兵元帅、田仁智为镇远州军民同知。次年正月九日，田仁厚亲自带兵杀死了田仁政、田仁美二人，其父田茂安报痛而亡。至正二十五年（公元1365年）六月，朱元璋攻占南京，进军湖南。田仁智为报父兄之仇，遣都事向吴国公归降，明太祖以率先归降，诏授田仁智为思南宣慰使，赐三品银印，辖17个长官司。七月，镇远蛮酋田仁厚献地归降，授思州宣慰使，治都坪寨，辖24个长官司。镇远州、镇远金容金达杨溪公峨蛮夷长官司等属西南宣慰司。镇远州知州先后由胡登、梁埠、戴子美、何济、何瑄等担任，长官司长官由何氏担任。明洪武二十二年（公元1389年）七月，置镇远卫指挥使司，下设左、中、右、前、后五千户所，屯兵5600人。次年四月又置清浪卫指挥司。镇远、清浪二卫，共辖军屯245个寨。明洪武二十三年（公元1390年），思南宣慰司从镇远迁治水德江（今思南县城），因而，水德江长官司演变为德江、印江二长官司。
明永乐九年（公元1411年）思南宣慰田宗鼎与思州宣慰田琛为争青溪朱砂坑地，举兵相斗，朝廷派人调解无效，扰民甚重，怨声极大。同年6月，思州田琛与辰州知州黄禧结盟，田琛自称“天王”，命黄禧为大将，起兵攻镇远城。田宗鼎挈家退走，其弟被杀，祖坟被挖，并戮其母尸。田宗鼎诉奏于朝，屡数敕田琛、黄禧赴厥自辩，皆拒命不朝。于是，永乐帝命镇远侯顾成率兵五万压其境，次年三月初五日执田琛、黄禧赴京伏法，并剿杀参与仇杀的田氏土军，焚毁天印田琛的宫室财产，以及漏溪、施秉等相关苗寨。明永乐十一年（公元1413年），朝廷实行“改土归流”，将田氏领地思州、思南两宣慰司分置镇远、思州、思南、石阡、黎平、乌罗、铜仁、新化八府，在镇远设贵州省布政司统辖，蒋廷瓒为首任布政使。为此，《明史》载：“贵州为内地，当自镇远始矣”。
镇远府于公元1413年分思南宣慰司地建立后，设治于镇远州，治石屏山前，颜泽任镇远府第一任知府。明正统三年（公元1438年）四月，镇远州知州何瑄奏请朝廷将镇远州并入镇远府。
镇远金容金达长官司从元代沿袭到明朝，何氏为正长官、杨氏为副长官。明弘治二年（公元1489年），长官何伦父子杀百姓一家三口而获罪、废长官司改为镇远县，改土归流。十三年（公元1500年）左贤（四川人）为镇远知县。清代沿袭镇远府、镇远县。清顺治十六年（公元1659年）正月设镇远总镇都督府，治卫城。
康熙十二年（公元1673年）十一月二十一日，吴三桂打着“兴明”旗号发动叛乱，云贵总督甘文焜于十二月八日从贵阳赶到镇远，镇远守桥副将江义已投吴三桂，率兵包围吉祥寺驿舍迫其归降。甘文焜手刃其子，而后自刎，时年42岁。同年夏天，吴三桂进驻镇远，督师东进，占据湖南。康熙十七年（公元1678年）八月，吴三桂在衡阳暴病而死，其孙吴世藩奉柩经镇远返云南。康熙十九年（公元1680年）十月，蔡毓荣、贝子漳泰率清兵攻占镇远城，清廷派李予之任镇远知府，朱三才任镇远知县。康熙二十二年（公元1683年）十一月，载镇远卫并入镇远县，雍正五年（公元1728年）改清浪卫设青溪县。雍正七年（公元1730年）为了开辟苗疆，在镇远设分巡贵东道，治卫城，并在镇远府设台拱镇，镇远设协营。乾隆四年（公元1740年），为加强黔东的军事力量，升镇远协为镇远镇，设总兵署，辖左、中、右三营，兼辖黔东十营三协，共有246个期地（军寨），控扼黔东各地。光绪元年（公元1875年），为增强兵力，苏元春改镇远水师为陆战队，分驻黔防。
民国元年（公元1912年）11月20日，镇远自治学社负责人潘德明、万贤臣、王星阶、杨培凤、梁时宪等联合拥护革命的人士，如镇远练军哨官黄鹤廷、黔东道尹吴嘉瑞、谢集林、傅良弼、着晋阳、倪松农等，宣布拥护共和，成立军政府镇远分府，各机关、团体和中小学纷纷响应。当天，镇远城的居民手持白旗上街游行，搭台演讲，剪掉发辫，群情欢腾，庆祝辛亥革命的胜利。民国二年（公元1913年）九月，废镇远府，在镇远设黔东道，辖27县。民国九年（公元1920年）废黔东道，镇远县直属贵州省辖。民国二十四年（公元1935年）设贵州省第八行政督察区专员公署、1937年改为第一行政督察区专员公署，简称：镇远专区，辖镇远县等12县。民国三十年（公元1941年）元月，废青溪县治，划归镇远县辖。
公元1949年11月8日，中国人民解放军二野五兵团十六军四十六师一三八团解放镇远城。11日，中国共产党镇远地方委员会、贵州省人民政府镇远专员公署、镇远军分区宣告成立。吴肃任中共镇远地委书记，王耀华任专员，曾宪辉任军分区司令员。同日，接管了镇远县，刘学民任县委书记、王佐光任县长，并将旧政权设的一区十三乡 （镇），改划为四区十三乡在（镇）：一区 （涌溪）辖氵舞 阳镇，太极镇（两路口），涌溪乡，新民乡（金堡乡）；二区（蕉溪）辖盛宁（蕉溪）乡，江古乡；三区（青溪）辖青浪镇，竹坪乡，羊坪乡，铺田乡；四区（龙场）辖龙场（羊场）乡，都坪乡，大地乡。
公元1954年10月4日，中共镇远地方委员会改称中共镇远地委常委会，1956年7月15日改称中共黔东南苗族侗族自治州地方委员会。1951年6月26日，镇远专员公署更名为镇远专区民族民主联合政府，1956年7月23日，黔东南苗族侗族自治州在镇远正式宣告成立，国家民委副主任萨空了、贵州省省长周林等领导人到镇远祝贺。1958年12月，州机关从镇远迁至凯里办公，镇远之名沿袭700多年未改变。
