紫云历史沿革变化较大，殷周时属鬼方，春秋属牂牁国，战国属夜郎国，秦代属夜郎郡，汉代属谈指县，隶牂牁郡。唐贞观四年（公元630年），在今紫云县境罗黎寨（火花乡属）置隆昆县，南宋置和武州，元代置和宏州（一作和弘州），至正十一年（1351年）改和宏州为镇宁州。明洪武十九年（1386年）置康佐长官司，嘉靖十一年（1532年）徙镇宁州治于安庄卫城（今镇宁县城）。清雍正八年（1730年），于镇宁州属威远营（今紫云县城）置归化厅，移安顺府通判驻其地。民国二年（1913年）改厅为县，因与福建省、绥远之归化重名，遂以城西有紫云硐而改名为紫云县，属贵州黔西道，列为三等县。民国十二年（1923年）直属省政府，二十四年（1935年）属贵州省第二行政督察区，二十六年（1937）后属贵州省第三行政督察区。
1949年10月1日，中华人民共和国成立。11月18日安顺解放，建立安顺专员公署。是年11月23日，国民党紫云县民众自卫总队起义，紫云和平解放。12月5日，中共安顺地委和专署派李育民等11人和平接管紫云县，建立紫云县人民政府。16日，又派吕瑞林等30余人到紫云，组建了中共紫云县工作委员会。1950年3月18日紫云发生土匪暴乱，1000余名土匪武装围攻紫云县城，守城部队中国人民解放军十七军警卫营一连及60多名政府机关干部奉命撤往安顺，紫云为土匪盘踞。同年11月，中共贵州省委、省军区作出“长（顺）紫（云）惠（水）合围剿匪”的决定，11月9日，人民解放军从镇宁县本寨乡羊蹄关直插紫云，武装收复了紫云县城。
1949年12月接管旧政权时，将原10乡l镇划为3个区：一区（城关区）辖松山镇、火烘乡、八德乡、绍周乡；二区（猴场区）辖大营乡、泉初乡、宗地乡；三区（狗场区）辖德舆乡、子英乡、翠河乡、坝羊乡。1950年11月，全县划分为4个区、10个乡（镇）、99个行政村。1952年12月26日，全县重划乡（镇），将全县划为5个区、30个行政乡（镇）和24个民族乡，共54个乡（镇）。1953年5月，全县调整划分为6个区、64个乡（镇）、100个行政村。1955年6月，各区区名不再以数字排列，而冠以地名。第一区称为松山区，第二区称为羊场区，第三区为猴场苗族自治区，第四区称为猫营区，第五区称为座马河区，第六区称为火八区。1956年8月，改紫云县隶属黔南布依族苗族自治州。
1958年12月29日，根据国务院［1958］政议字第92号文批复，撤销紫云县建置，将紫北的猫营、座马河2个人民公社划属长顺县；紫南的紫松、宗地、猴场、火烘4个人民公社划属望谟县。
1961年8月18日，国务院秘书厅［1961］秘字第56号文通知恢复紫云县建置，重新划为6个区28个人民公社1个镇，仍属黔南自治州。1962年7月，全县划为6个区31个人民公社。1963年l1月，全县为6个区38个社（镇）214个大队1571个生产队。1965年8月，紫云县划属安顺专区管辖。
1966年2月11日，根据国务院［1965］国议字33号文件批复，建立紫云苗族布依族自治县，以紫云县行政区划为紫云苗族布依族自治县行政区划。
1975年12月，全县调整为6个区36个社（镇）。1980年10月，全县又恢复为1965年的38个社（镇）。1981年，全县划为38个社（镇）222个大队1965个生产队。1984年2月，松山镇由社级镇升为区级镇。3月，撤消政社合一的36个人民公社，改建为36个乡。是年，全县划分为6区l镇37个乡222个行政村。1991年11月，根据《中共贵州省委、贵州省人民政府关于开展建镇并乡撤区工作的指示》(省发[1991]6号)和中共安顺地委、行署《关于开展建镇并乡撤区工作的安排意见》，将6区1镇37个乡撤并为5个镇7个乡。建镇并乡撤区后，全县辖松山镇、水塘镇、猴场镇、猫营镇、板当镇、白石岩乡、宗地乡、大营乡、四大寨乡、坝羊乡、火花乡、达帮乡12个乡镇。2012年，全县辖5镇7乡、223个村民委员会、6个居民委员会、2008个村民小组。2013年并村为162个行政村、6个居委会、1973个村民小组。2000年6月23日，国务院国函［2000］79号文批复安顺撤销安顺地区，设立安顺市，紫云自治县属安顺市管辖。
紫云具有光荣的革命斗争历史，清咸丰八年（1858年）至同治十一年（1827年），太平军翼王石达开取道贵州进入四川，其所部在紫云境内转战将近一年，两次攻克归化厅城。太平天国革命运动激发了紫云各族农民起义，反清斗争坚持了长达19年之久。清嘉庆年间，归化人民响应南笼布依族韦朝元、王阿崇(女)领导的起义。咸丰同治年间，火烘枝布依族农民马文高、白牛屯布依族哈冬狗，黄土寨布依族叶桂林、四大寨苗族罗开基领导的农民起义，有力地冲击了中国封建制度，动摇了清王朝的统治，为紫云近代史写下了光辉的一页。
1929年12月，邓小平、张云逸等领导广西百色起义，成立了红七军，不久红八军编入红七军，按全国红军统一番号为中国工农红军第七军19、20、21师。此后，邓小平奉命率19、20师赴江西与中央红军会合，21师由韦拔群率领留在广西坚持斗争，行前邓小平指示“向贵州发展”。1932年夏，广西右江党委和21师党委派党员黄举平、黄伯尧等10余人化装成小商贩到紫云等地开展革命武装活动，成立了“中国共产党黔桂边委员会”、“黔桂边革命委员会”，领导桂西北及贵州的罗甸、紫云、贞丰、册亨等地的革命斗争。紫云有50余人参加黔桂边党委领导的红军独立营，紫云籍薛玉成、秦定川2人分别担任连长。黔桂边委主要领导人赵世同、黄唤民等一直在紫云大部分地区活动，紫云一直是中共黔桂边委活动区域之一。
1935年4月中旬，中国工农红军第一方面军在四渡赤水战役中长征途经紫云境内今10个乡（镇）195个村寨，行程约180公里。红军所到之处，宣传共产党的主张，在紫云各族人民心中点燃了希望之火，海子韦树周、姜培德等10名布依族青年参加红军。是年冬，宗地苗族青年杨排方为争取民族平等、反对民族压迫，与红三军团副排长钟文才、战士钟德秀等4名红军在宗地组织开展了反蒋（介石）武装斗争。
1939年5月，苗族农民熊亮臣以“抗工、抗兵、抗粮、抗税”为口号，成立“民团”，公开反对国民党政权。1943年9月，接受中共黔桂边特工委领导，改为“农民自卫团”，活跃在紫云、王母（今望谟，1940年3月设县）交界的大小麻山地区，影响黔桂两省边境区域。
1936年冬，根据中共贵州省工作委员会关于开辟安（顺）紫（云）边区的指示，省工委军事工作小组成员张恒兹受秦天真的派遣到紫云活动，任务是联络地方进步力量，筹组革命武装，组织抗日反蒋武装斗争。1939年3月，地下党领导人朱桂林、张恒兹、刘英泰3人在紫云县城正式成立了中共安紫边区领导小组。1942年7月18日，刘英泰等人在紫云境内的青杠林成立安（顺）镇（宁）关（岭）紫（云）边区工农革命委员会，下设工农革命军。次年改为“救国扶民军”，在紫云、镇宁边界长期开展反蒋武装斗争。
1943年冬，根据省工委秦天真的指示，安紫边区领导小组的活动范围由安顺、紫云扩大到长顺，并将名称改为“中共安紫长边区领导小组”，由刘英泰、张恒兹2人(后又增加胡博)组成。1947年11月，以胡博为党代表、郑德霖为大队长的“紫云县工农革命军游击大队”在克混举行武装暴动，公开提出“打倒贪官污吏，打倒土豪劣绅，穷人坐天下！”“打倒蒋介石，推翻国民党，建立新中国，跟着共产党走！”“抗兵抗粮抗捐，迎接解放军大部队！”等口号，在方圆百里的武装割据区域内废除了国民党保甲制度，队伍纪律严明，秋毫无犯，就像当年红军一样，老百姓称之为“闹红城”。
1949年夏，安紫长边区游击纵队成立，纵队司令员杨诗书，参谋长尹必昌，政治部主任王权超、副主任谭学文，教育处长邓文彬，供给处长吴让坤。下设1个支队，支队长高大勋。支队分7个大队。为迎接解放，地下党员黄松鹤派人会同游击纵队与国民党紫云县民众自卫总队武装，于同年11月19日在紫云境内羊场、塘坊一带伏击南逃的国民党国防部监护营，打死打伤敌军30多人，俘虏100多人，缴获机枪20挺、钢炮2门、其它枪械300余件、子弹和手榴弹数10箱，同时俘获了国民党安顺专员杨伯楹、安顺县长李紫珊，在紫云县城抓捕了国民党紫云县长李文经。11月23日，民众自卫总队副总队长毛铁、中队长吴顺森率部起义，到安顺接受中国人民解放军安顺军分区整编，紫云和平解放。
