云岩区地貌属黔中丘原盆地，中南部地势较低，为贵阳盆地的一部分。最高点在东北部黔灵镇的唐家山，海拔1438米；最低处为东部黔灵镇安井河谷与乌当区接界的南明河出境处，海拔1023米。北、西、东三面群山环抱。全区平均海拔1184米。平坝占全区面积的18.20%；丘陵占52.79%；山地占29.01%。河流属长江流域乌江水系。主要河流为南明河及其支流雅关河（市西河），以及贯城河（沙河），此外有三桥、宅吉、改茶等小河沟。河道总长25千米。区内南明河长7.5千米。雅关河长13千米。沿此河已建成小关水库及黔灵湖，积水面积22.3万平方米，容量346万立方米。