黔南州国家税务局设11个内设机构（正科级）；2个直属机构：稽查局（副处级）、车辆购置税征收管理分局（正科级）；3个事业单位（正科级）。下辖13个县、市、区国税局，分别为：都匀市国税局、福泉市国税局、贵定县国税局、龙里县国税局、瓮安县国税局、惠水县国税局、荔波县国税局、独山县国税局、罗甸县国税局、长顺县国税局、平塘县国税局、三都县国税局、都匀经济开发区国税局。